Adanya kegiatan ekstrakurikuler di SMTI Yogyakarta ditujukan agar siswa dapat mengembangkan kepribadian, bakat, dan kemampuannya di berbagai bidang di luar aspek akademik. Manfaat kegiatan ini untuk wadah penyaluran hobi, minat, dan bakat para siswa secara positif yang dapat mengasah kemampuan, daya kreativitas, jiwa sportivitas, dan meningkatkan rasa percaya diri. Akan lebih baik bila mampu memberikan prestasi gemilang di luar sekolah se-hingga dapat mengharumkan nama sekolah. Kegiatan ekstrakurikuler ada yang bersifat akademik dan non-akademik.
Selain OSIS sebagai induk kegiatan ektrakurikuler di sekolah, kegiatan ektrakurikuler yang ada di SMTI Yogyakarta adalah :
- Paduan Suara
- Tae Kwon Do
- Futsal
- Tari
- Karawitan
- Peleton Inti
- Bahasa Inggris
- Bahasa Jepang
- Jurnalistik
- Basket
- KIR
- Volley
